红旗区区科技局设1个内设机构：办公室（科技股、区域创新股）。主要任务是：贯彻执行党和国家的科技工作方针、政策及有关法律法规；编制和组织实施本区中、长期科技发展规划、年度计划和科技政策；管理使用好全区科技三项经费，努力推动区自主创新体系建设，统筹协调全区科技进步的宏观管理工作。